. Văn phòng Bộ.
8. Thanh tra Bộ.
9. Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo.
10. Cục Y tế dự phòng.
11. Cục Phòng, chống HIV/AIDS.
12. Cục Quản lý Môi trường y tế.
13. Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.
14. Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền.
15. Cục Quản lý Dược.
16. Cục An toàn thực phẩm.
17. Cục Cơ sở hạ tầng và Thiết bị y tế.
18. Cục Dân số.
19. Viện